Kunststoffplatten werden im Spritzgussverfahren hergestellt, Mikrotestplatten aus Quarzglas dagegen in vielen Einzelschritten – schleifen, polieren, bohren, verschmelzen. Dies erlaubt eine Modifizierung für spezielle Anwendungen. So kann z.B. die Bodendicke unter Einhaltung höchster optischer Qualität bis auf
0.5 mm reduziert werden.

Eine weitere Reduzierung bis hin zur „Deckglasdicke“ von 0.17 mm ist möglich, allerdings nur in Verbindung mit einem kleineren Näpfchendurchmesser von ca. 3 mm. Speziell für Anwendungen im Fluoreszenzbereich kann das Oberteil der Mikrotestplatte auch aus schwarzem Quarzglas gefertigt werden.